如何处理部队不合格的博士论文

修改论文:首先学生需要根据导师或者教育机构的指导修改不合格的论文。这可能包括调整论文结构，修改语言表达，增加新的研究内容。

复检:修改完毕后，学生需要将论文提交到复检系统进行复检。如果修改后的论文中仍有相似或重复的内容，学生需要进一步修改。

提交修改后的论文:经过多次修改，学生需要将修改后的论文提交给导师或教育机构。导师或教育机构会对修改后的论文进行重新评估，如果仍然不合格，可能会要求学生进一步修改。

重新答辩:如果修改后的论文仍然不合格，学生可能需要重新参加答辩。答辩是军事博士生培养过程中的重要环节，要求学生充分展示自己的研究能力和成果。