硕士学位论文可以发表在二级期刊上吗?

好的。

计算机应用类期刊是二类期刊,是国内比较好的、比较成熟的期刊。如果你的论文是创新的,你应该仍然能够发表它们。不过中间可能会允许你做适当的修改,需要一段时间来复习。一般要两个月左右才能知道结果。