本科毕业论文最后去了哪里？

以上海交通大学为例，毕业论文最终由学校部门保管。根据《上海交通大学关于本科生毕业设计(论文)工作的若干规定》的相关规定，学生答辩、评卷后，毕业论文需要保存归档。