如何在地理数据库中找到所需的数据库
1.首先,GEO数据库是什么鬼?
地理数据库的全称是基因表达。
OMNIBUS是由国家生物技术信息中心NCBI创建和维护的基因表达数据库。成立于2000年,包含了世界各地研究机构提交的高通定量基因表达数据,也就是说,只要发表过论文,论文中涉及的基因表达检测的数据都可以在这个数据库中找到。
2.GEO数据库的搜索条目有哪些?
有两种最常用的方法。如果知道GSE号,可以使用网站/文章/1100。
另一种是通过NCBI主页的词条基因搜索下载。通常情况下,你不知道GEO号,所以你可以通过样本类型、实验处理、平台信息等来筛选想要的GEO数据:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进入NCBI主页,为搜索数据选择GEO DataSets,如果搜索某个基因表达,选择GEO Profiles。