编辑部修改论文时需要直接删除修改意见吗？

最好不要删除。编辑每天要改很多稿，不一定记得在那些地方提到过修改意见，所以保留评论可以提醒编辑自己。

当然删除了也没多大关系，因为编辑器那里还有原文件。收到你的修改稿后，他可以对比文档，你可以知道哪里需要修改。