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为了便于大家快速理解，我查阅了大量资料，以文字和图片的形式呈现了常见的基因组学方案和简明的实验步骤。本期分享了基因组学、蛋白质组学、代谢组学、转录组学的标志物检测方法，废话少说，直奔干货。
1.基因组学的标记验证实验
1.？基因表达
逆转录定量PCR(qRT-PCR)是一种在样本量很小或非常珍贵的情况下研究基因表达的模型。该方法的主要优点是范围广、灵敏度高、准确度高、无PCR后处理步骤、避免交叉污染、产量高、可多重检测。具体地，通过实时检测PCR扩增反应中每个循环产物的荧光信号，实现对初始模板的定量和定性分析。在实时荧光定量PCR反应中，引入荧光化学物质。随着PCR反应的进行，PCR反应的产物不断积累，荧光信号的强度也同比例增加。每个循环后，采集荧光强度信号，通过荧光强度的变化检测产物量的变化，最终得到荧光扩增曲线。实验思路见参考文献【1】。
实验材料
新鲜和冷冻的组织和细胞、新鲜和冷冻的血液或血浆等。
？基因表达的检测方法还包括PCR[2]和RT-PCR[3]。
2.？甲基化检测
PCR(甲基化特异性PCR (MSP)是一种高灵敏度的DNA甲基化检测技术，不受限制酶的限制。通常，设计两对引物，一对MSP引物扩增用亚硫酸氢盐处理的DNA模板，另一对扩增未甲基化的片段。如果第一对引物能扩增片段，说明检测位点有甲基化，如果第二对引物能扩增片段，说明检测位点没有甲基化。实验思路见参考文献[4]。
实验材料
新鲜的、冷冻的和石蜡包埋的细胞或组织等。
？甲基化检测的其他技术还有亚硫酸氢盐处理+测序[5]，限制性内切酶分析结合硫酸氢钠(COBRA)[6]等。
2.蛋白质组学标记验证实验
Western blot是将电泳分离的细胞或组织的总蛋白从凝胶上转移到固相支持物NC膜或PVDF膜上，然后用特异性抗体检测某一特定抗原的蛋白质检测技术。其基本原理是用特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或生物组织进行显色。实验方法应用广泛，是蛋白质检测常用的定性和定量方法。实验思路见参考文献[7]。
实验材料
新鲜、冷冻的细胞或组织
酶联免疫吸附试验(ELISA)是利用抗原和抗体的特异性结合，对免疫反应进行定性和定量检测的方法。基本原理:使抗原或抗体与固体载体表面结合，保持其免疫活性。抗原或抗体与酶连接形成酶标记的抗原或抗体，该酶标记的抗原或抗体保留其免疫活性和酶活性。在测定过程中，被检测样本和酶标记的抗原或抗体按照不同的步骤与固体载体表面的抗原或抗体反应。通过洗涤将在固体载体上形成的抗原-抗体复合物与其它物质分离，最终结合到固体载体上的酶的量与样品中被检测物质的量成一定比例。加入酶反应的底物后，底物被酶催化成为有色产物，产物的多少与样品中被检测物质的多少直接相关，因此可以根据显色反应的深浅进行定性或定量分析。实验思路见参考文献[8]。
实验材料
新鲜、冷冻的细胞或组织
免疫组织化学(IHC)也称为免疫细胞化学。它应用免疫学和组织化学的原理来检测组织切片中的蛋白质水平。它利用标记的特异性抗体(或抗原)原位检测抗原(或抗体)在组织和细胞中的分布，检测相应的靶抗原(或抗体)，并进行定位、定性和定量分析。根据标记物的性质，检测技术可分为免疫荧光技术、免疫酶技术、免疫金属技术和放射免疫分析。实验中广泛应用了免疫荧光技术和免疫酶技术。实验思路见参考文献[9]。
实验材料
石蜡包埋组织、细胞标本和冷冻组织切片
三、代谢组学标记验证实验
？气相色谱-质谱联用(GC-MS):气相色谱利用不同物质在固定相和流动相中不同的分配系数，使不同的化合物在不同的时间流出色谱柱，从而达到分离化合物的目的。质谱是利用带电粒子在磁场或电场中的运动规律，根据带电粒子的质荷比(m/z)进行分离分析，确定离子质量和强度分布。它能给出化合物的分子量、元素组成、分子式和分子结构信息，具有定性专一、灵敏度高、检测快速的特点。实验思路见参考文献【10】。
实验材料
小分子、挥发性、热稳定且可气化的化合物
？液相色谱-质谱(LC-MS):具有分析范围广、分离能力强、定性分析结果可靠、检出限低、分析时间快、自动化程度高等优点。它使用液相色谱作为分离系统，质谱作为检测系统。样品在质谱部分与流动相分离，电离后由质谱的质量分析器分离出离子碎片，由检测器得到质谱。实验思路见参考文献【11】。
实验材料
非挥发性、极化、热不稳定和大分子(蛋白质、肽、聚合物等。)
4.转录组学标记验证实验
1.？表达式验证
QRT PCR(参见基因组学)和Northern印迹。
Northern印迹用于检测和定量样品是否含有基因的转录产物(mRNA)。其原理是将待测RNA样品在变性条件下进行琼脂糖凝胶电泳，然后将凝胶中的位置转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜上，固定后再与同位素或其他标记物标记的RNA探针反应。应用文献很少。实验思路见参考文献【12】。
实验材料
总RNA样本或mRNA样本(RNA容易降解，需要注意保存方法和周期)
灵敏度:qRT-PCR & gt；Northern印迹，特异性:Nortern印迹& gtQRT-PCR(上述实验方案)。
2.？RNA和蛋白质的相互作用
RNA免疫沉淀(RIP):感兴趣的RNA结合蛋白(RBP)与其结合RNA一起免疫沉淀，以鉴定结合转录的RNA。它可以通过RT-PCR、微阵列或测序来检测，并且它是一种基于抗体的技术，用于在体内定位RNA-蛋白质相互作用。实验思路见参考文献【13】。
实验材料
细胞
RNA-下拉:将RNA进行标记(如生物探针标记)，与细胞质蛋白提取液一起孵育，形成RNA-蛋白复合物。通过SDS-PAGE分离蛋白质，最后通过蛋白质印迹或质谱检测蛋白质。用于寻找与靶RNA结合的蛋白质。实验思路见参考文献【14】。
实验材料
细胞质蛋白
？此外，还包括甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)[13]。
今天的分享到此结束。因为验证每组标记的方法很多，本期主要分享常用方案。希望你能对各组标记的实验方法有一个简单的了解。基于每组的后续机制，需要添加细胞增殖、细胞迁移、侵袭、凋亡实验和动物模型等。，大部分都差不多。相信你看完相关文献很快就会找到规律的~
最后祝大家SCI每篇稿件都获奖！
参考
1.？刘X，王J，陈M，刘S，于X，文f .结合和GEO数据库的数据和反转录定量PCR验证鉴定肺癌的基因预后标记物.？Onco的目标是那里。2019;12:709‐720.发布于2019年1月21日。doi:10.2147/OTT。S183944
2.？使用TCGA外显子组测序分析9种主要癌症类型的肿瘤和邻近正常组织中的细菌分布？计算和结构生物技术杂志？vol . 18 631-641。2020年3月，doi:10.1016/j . csbj . 2020 . 03 . 003
3.？HIV-1 Nef诱导的lncRNA AK006025通过与CBP/P300相互作用调节星形胶质细胞CXCL9/10/11簇基因表达。？神经炎症。2018;15(1):303.发布于2018 Oct 31。doi:10.1186/s 12974-018-1343-x
4.？谢凯，张凯，孔军，等。癌-睾丸基因PIWIL1促进肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。？癌症医学。2018;7(1):157‐166.doi:10.1002/cam 4.1248
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6.？GALNT9，BNC1和CCDC8基因在转移到大脑的乳腺肿瘤中经常是表观遗传失调的。？临床表观遗传学？第7卷，1 57。5月27日。2015，doi:10.1186/s 13148-015-0089-x
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9.？乳腺癌组织中N6-甲基腺苷相关的基因组靶标发生改变并与低生存率相关。？j癌。2019;10(22):5447‐5459.发布于2019年8月29日。doi:10.7150/JCA . 35053
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15.？高通量测序后作为实验验证手段的转录(一)