引用重复的时候算吗？

不完全是。论文查重时，只会检查论文的文字内容，不会查重参考文献，因为它们被视为参考文献，但会计算参考文献的引用率。参考文献的引用格式通常遵循所选学术方向或出版机构的要求，格式不对就不会通过。