我在南京财经大学自考本科有一门不及格。可以申请毕业论文吗？

可以举报。

但是如果你的论文通过了，你还没有通过这门课，你就不能毕业。论文有效期一年。

为了安全起见，你最好在提交论文之前通过所有的课程。这样才能保证你能拿到学位。万一论文逾期了，只能拿毕业证，不能拿学位证。这将是一个遗憾。