学校论文系统不是直接提交论文查重，不查重吗？

它算数。论文系统的查重功能是在论文提交后自动执行的。如果在论文提交给系统之前没有进行重复检查，系统将在您提交论文时自动执行重复检查，并且该重复检查将被记录在系统中，并包括在您的论文重复检查次数中。