我的导师修改了我论文的初稿，用红色标出了许多字符。主要是格式方面，我按照他的要求改了，标了绿色。

可以，你导师用的是修改软件，之前在上面修改过，自动生成的，只要和导师修改的不一样。但是我建议你最好重新写一份电子文件(其实只要把你要改的部分改了，把其他内容原封不动的粘贴好)发给他，这样你的脸看起来干净，导师也看得清楚。