北京交通大学研究生院的科研实力
国家(级)重点实验室(研究机构)(10)
轨道交通控制与安全国家重点实验室
下一代互联网互联设备国家工程实验室
高速铁路系统测试国家工程实验室
轨道交通运行控制系统国家工程研究中心
风力发电国家工程技术研究中心北京分中心
电磁兼容性国家认证实验室(3C认证)
结构强度测试国家认证实验室(3C认证)
网络管理国家认证实验室(3C认证)
国家大学科技园
国家软件示范学院
省部级重点实验室(24个)
教育部全光网络与现代通信网络重点实验室
发光与光信息技术教育部重点实验室
城市交通复杂系统理论与技术教育部重点实验室
车辆先进制造与测控技术教育部重点实验室(军工)
城市地下工程教育部重点实验室
教育部隧道与地下工程研究中心
教育部电力牵引工程研究中心
教育部高速铁路网络管理工程研究中心
教育部轨道车辆结构可靠性与应用检测技术工程研究中心
北京大学CBTC城市轨道交通系统工程研究中心
教育部行业特色研究型大学发展战略研究中心(教育部战略研究基地)
铁路基础数据集成与信息服务平台(教育部科技基础资源数据平台)
北京城市轨道交通自动化与控制重点实验室
北京现代信息科学与网络技术重点实验室
北京物流管理与技术重点实验室
北京通信与信息系统重点实验室
铁道部运输自动化与通信重点实验室
铁道部铁路信息科学与工程重点实验室
铁道部信息存储、显示与材料重点实验室
铁道部光纤技术与铁路应用重点实验室
铁道部运输智能技术与系统重点实验室
北京交通发展研究基地(北京市教委、社科办)
首都大学生思想政治教育研究中心(北京市教育委员会、北京市教委)
北京城市交通技术转移中心(北京市教育委员会、市产业促进局)
国家权威研究(机构)中心(4个)
中国产业安全研究中心
中国并购重组研究中心
中国企业竞争力研究中心
中国交通运输价格研究中心
中国现代轨道交通科学技术研究院
有五个研究中心:
中国高速铁路研究中心
中国城市轨道交通研究中心
中国磁悬浮研究中心
中国管桂交通研究中心
中国综合交通研究中心
教育部创新团队(3)
教育部未来互联网系统创新团队研究
列车运行组织与控制的基本理论和方法；教育部创新团队。
用于高速铁路控制的无线移动通信系统研究:教育部创新团队
学校承担国家高技术“863”计划、国家发改委、科技部科技支撑项目、国家自然科学基金、国家社科基金项目等科研项目4000余项。自2006年以来，国家“973”项目批准了3个资助项目。2008年，国家社科基金批准项目1项。2009年，“双主持”项目“复杂高速条件下车辆信号安全控制系统关键技术及应用”获国家科技进步二等奖。学校建立了GSM-R技术实验室，主要用于中国铁路新一代移动通信的调度指挥和无线传输。该研究成果已应用于大秦铁路、吉焦铁路和青藏铁路，填补了中国铁路无线通信技术的空白。“基于通信的列车运行控制系统(CBTC)”在关键技术研究上取得突破，拥有完全自主知识产权，将在亦庄城轨线使用。2006年，学校两个主要项目“大城市交通拥堵瓶颈基础科学研究”和“综合可信网络与通用服务体系下的基础理论研究”获得国家“973”项目立项。由我校土木工程学院张鼎立教授作为首席科学家申报的国家重点基础研究发展计划(“973”计划)项目“城市地下工程安全基础理论研究”，经过函评、复评、综合评价三轮专家评审，获得批准，于2010年6月正式启动。
学校注重铁路科研的优势和特色，坚持围绕铁路现代化和跨越式发展的需要开展科技工作。学校承担的科研项目在铁路系统的份额一直保持全国高校的领先地位。为国家十五重大项目——青藏铁路建设、高速铁路建设、国家铁路六次提速做出了重要贡献，包括“青藏铁路通信信号方案”、“青藏铁路特殊运输组织方式研究”、“青藏铁路信息规划、施工管理信息系统及“机车车载牵引实验系统装置”等科研项目；开发的微机联锁系统和机车主信号设备在中国铁路推广，为保障铁路行车安全和提高效率提供了有力的技术支持。全面参与高速铁路建设，组织学校相关学院教授20余人参与高速铁路六大系统招标文件的编制和谈判，组建市部级交通行业研究基地，率先完成客运专线运营管理体制研究，为铁路跨越式发展提供理论支撑、技术支撑和人才支撑。
科研经费逐年大幅增长。“十五”期间科研合同经费比“九五”期间增长150%，纵向项目经费占比超过50%。三大搜索数量同期增长197%。2006年SCI排名第39位，EI排名第35位，ISTP排名11。2005年，国家自然科学基金和铁道部设立“铁路联合基金”，北京市在该校建立“北京城市交通技术转移中心”和“北京交通发展研究基地”人文社会科学基地。近年来，学校“世界最高隧道——青藏铁路多年冻土区风火山隧道施工技术”、“计算机信息安全防护技术”等3项项目成果获国家科技进步二等奖；由学校主持、具有自主知识产权的“无水砂砾石地层盾构施工关键技术研究”和BJTU IPV6无线/移动路由器获北京市科学技术奖一等奖；IPV6无线/移动路由器也在2006年被列入国家产业化项目；“基于通信的列车控制系统(CBTC)”在关键技术研究上取得突破，填补了国内空白，形成了国内首个具有自主知识产权的“基于通信的列车控制系统”，已在北京亦庄城轨线采用。主持或参与了40多个与北京奥运会相关的项目。《北京交通发展研究报告》为北京市政府进行综合交通科学决策提供了依据和参考。学校加强了与地方和铁路企业的长期稳定的产学研合作关系。2005年，联合国教科文组织在中国设立了高等工程教育与工业合作教席。依托这所学校，市委教育工委、市教委成立了大学生思想政治教育研究的专门机构——首都大学生思想政治教育研究中心。一年一度的“北京·中国交通论坛”已经形成了独特的“品牌”。北京交通大学科技园自2001成为北京市市级大学科技园以来，在轨道交通领域产学研合作取得了显著成绩。